研究人员发现了 214 种以前从未见过的 RNA 病毒，它们潜伏在青蛙，鱼类和爬行动物的体内。我们以往研究 RNA 病毒时，通常会忽略掉这些动物。

这一发现不仅对未来人类病毒学的研究具有启示性意义，而且还揭示了病毒可追溯至数百万年之久的进化史——它们与脊椎动物同时进化。

论文的共同作者、澳大利亚悉尼大学的流行病学家埃迪·霍姆斯说：“这项研究显示了脊椎动物在整个进化历史中与一些病毒群落共存——它转变了我们对病毒进化的理解。我们第一次可以肯定地说，RNA 病毒已有数百万年的历史，并且自第一批脊椎动物存在以来就已经存在。”

RNA 病毒从核糖核酸中提取遗传物质，而不是 DNA——该类型的病毒包括许多人类疾病原，如流感，普通感冒，甚至埃博拉病毒。

尽管以前在蝾螈中发现了一些 RNA 病毒，但是对于影响其他两栖动物，鱼类和爬行动物的病毒的研究十分稀少。

霍姆斯和他的团队检测了超过 186 个物种的 RNA，包括蛇、龟和蜥蜴等爬行动物；两栖动物，如青蛙、蝾螈和蚓螈；鱼类诸如无颚鱼、软骨鱼、条鳍鱼鱼，文昌鱼和肺鱼等。

他们在论文中写道：“我们从这些动物的肠道，肝脏和肺或鳃组织中提取整体 RNA 物质，然后将其编纂成 126 套基因库用于高通量 RNA 测序。总而言之，我们生成了 806 亿个碱基序列读数，这些碱基序列的组装和筛选都是针对 RNA 病毒的。”

他们专注于脊椎动物中特有的病毒，他们发现的 214 种病毒或者是可以直接感染脊椎动物类型，或者是与脊椎动物感染相关的 RNA 病毒的直接衍生群体。

这些病毒中有 24% 来自于同一个体的不同组织中。

霍姆斯说：“鱼类具有惊人的病毒多样性，而在哺乳动物中发现的几乎所有类型的病毒族现在都可以在鱼类中找到。我们甚至在鱼类中发现了埃博拉病毒和流感病毒的近亲旁支。”

但这并不意味着我们从此要提心吊胆，担心食用鱼类而感染致命的埃博拉病毒。人类和鱼在生理上具有极大的不同——对病毒的进一步分析表明，它们一直在与它们感染的对象共同进化，所以它们为了适应并针对鱼类的身体，通常无法再兼顾我们人类。

该团队认为，现代病毒与我们的鱼类祖先一起从海洋中涌现出来，并且一直伴随着我们走过了所有进化之路。

但是这也意味着现代的鱼类病毒已经发展到在鱼类而无法在哺乳动物体内生存的状态——当然，最好进一步希望我们在跨物种传播方面已经具有太大的遗传差异，形成了不可逾越的藩篱。

这项研究确实表明，存在着比我们预期更多的 RNA 病毒，这可能有助于提早发现那些对我们人类极具威胁的致命病毒。

霍姆斯说：“这项研究强调了病毒的王国——病毒的领域——无处不在。很明显，还有数百万乃至更多的病毒有待发现。”

该研究发表在 Nature 上。（来源：生物360）

The evolutionary history of vertebrate RNA viruses

Abstract  Our understanding of the diversity and evolution of vertebrate RNA viruses is largely limited to those found in mammalian and avian hosts and associated with overt disease. Here, using a large-scale meta-transcriptomic approach, we discover 214 vertebrate-associated viruses in reptiles, amphibians, lungfish, ray-finned fish, cartilaginous fish and jawless fish. The newly discovered viruses appear in every family or genus of RNA virus associated with vertebrate infection, including those containing human pathogens such as influenza virus, the Arenaviridae and Filoviridae families, and have branching orders that broadly reflected the phylogenetic history of their hosts. We establish a long evolutionary history for most groups of vertebrate RNA virus, and support this by evaluating evolutionary timescales using dated orthologous endogenous virus elements. We also identify new vertebrate-specific RNA viruses and genome architectures, and re-evaluate the evolution of vector-borne RNA viruses. In summary, this study reveals diverse virus–host associations across the entire evolutionary history of the vertebrates.

原文链接：http://www.nature.com/articles/s41586-018-0012-7.pdf