成都生物所高通量测序平台开放服务
来源:微生物中心
作者:李香真
时间:2014-07-03
近日,中国科学院成都生物研究所高通量测序平台正式对外开放服务。中国科学院成都生物研究所购置的Illumina Miseq测序仪自2013年底安装以来,已经成功运行了半年时间。利用Miseq V2试剂盒可以测定2x250bp的序列长度,V3试剂盒可以测定2x300bp的序列长度,非常适合微生物群落组成的检测。环境样品的单基因扩增子测序,主要是利用MiSeq平台对16S rRNA, 18S rRNA, ITS等测序,然后对这些数据进行生物信息学分析,以获取微生物组成和多样性数据。客户只需要提供高质量的DNA样品,由专业人员进行PCR扩增及上机测序,获得环境样品中单个基因的组成和多样性信息。该测序仪是中国科学院成都生物所环境基因组高通量测序平台的一部分,该平台依托成都生物所的科研力量,对院内外进行高通量测序和生物信息服务。本平台还拥有大型服务器数台及与基因组、转录组分析相关的生物信息软件等,其下属的分子生物学实验室拥有完备的分子生物学研究用仪器和设备,如PCR仪、定量PCR、DNA片段化仪、DNA检测设备等。利用这些条件,本平台开展基因组、转录组、扩增子测序及生物信息服务。如需帮助,请联系张时恒先生:zhangsh@cib.ac.cn.
Illumina Miseq测序仪
Miseq测序仪的特点
读长 |
运行时间 |
总数据量 |
注释 |
|
2×250bp |
~39 hrs |
7.5-8.5 Gb |
V2试剂盒 |
|
2×300bp |
~65 hrs |
13.2-15 Gb |
V3试剂盒 |
|
应用:微生物多样性分析、16S rRNA测序、宏基因组测序、 转录组de novo测序、微生物基因组测序、表达谱等。 |