在院人事局的支持下，成都生物所定于2021年09月01日-09月04日，开展《生物信息学与生物统计》培训。本次培训面向所内外相关科研人员，全程以网络会议形式举行，总名额200人，欢迎参加！如有需求，请于08月31日17:00前联系工作人员，QQ1021543760。 

 一、时间安排 

 09月01日：学员报到。 

 09月02日-09月04日：课程学习。课程内容及时间安排如下表： 

 二、培训会议室 

 腾讯网络会议室（待定，QQ群内公布） 

 三、培训内容提纲 

 1. 所内部分常用仪器及原理 

　　（1）应用与环境微生物实验室常用仪器原理 

　　（2）显微技术原理及应用 

　　（3）蛋白质操作仪器原理及应用 

　　（4）质谱、核磁技术原理及应用 

 2. 分子微生物生态学技术及原理 

　　（1） 微生物群落生态学研究方法 

　　（2） 高通量测序原理 

 3. Linux基础和Docker容器 

　　（1） Linux操作系统简介（Linux操作系统特性以及常见的操作命令，满足普通用户使用即可，主要为文件、目录和权限相关的操作命令） 

　　（2） Docker容器简介及操作（Docker容器介绍以及Docker操作相关的命令，包括Docker镜像下载、数据卷的挂载、Docker容器停止及删除等） 

 4. 微生物组数据库平台实现原理与功能介绍 

　　（1） 开发背景及实现原理简介 

　　（2） 数据提交、检索和分析演示 

　　（3） 基于微生物组数据库的统计分析和可视化演示 

 5. 微生物组扩增子测序数据分析 

　　（1） 基于QIIME2的16S rRNA基因测序数据处理 

　　（2） 基于QIIME2的功能基因测序数据处理（以phoD基因为例） 

 6. R语言和微生物组统计分析基础 

　　（1） R语言简介（包括：R语言的特性和应用领域等） 

　　（2） RStudio使用方法（包括：RStudio使用方法以及R语言包的安装和删除） 

　　（3） R语言基本语法（包括：向量、列表、数据框和矩阵的增删查改以及R语言条件判断和循环） 

　　（4） R语言文件读写（包括：text、tsv、excel和csv文件的读写以及pdf、png和jpg等图片的保存） 

　　7. 基于R语言microeco包的数据统计分析和可视化 

　　（1） microeco包介绍及microeco dataset的构建 

　　（2） 物种组成分析（柱状图、箱线图、饼图和韦恩图等） 

　　（3） 多样性分析：alpha, beta多样性分析 

　　（4） RDA分析 

　　（5） 相关分析 

　　（6） 聚类分析 

　　（7） LEfSe分析 

　　（8） 随机森林分析（Random forest） 

　　（9） 零模型（Null model） 

　　（10） 网络分析（Network analysis） 

　　（11） 功能预测 

 四、注意事项 

 1.  9月3日和4日有演示+远程操作，请自备硬件和软件，保持正常网络连接。 

 2.  由于服务器资源有限，人员过多时服务器连接可能中断，因此远程操作仅限所内局域网，敬请谅解！ 

　　环境治理与食品安全领域 

　　公共技术中心 

　　知识管理中心 

　　2021.8.27