FA-2 是油脂化工废水处理系统中分离到的降解脂肪酸和脂肪胺的功能菌，本研究以大肠杆菌为参照菌，基于荧光定量PCR技术，建立了检测FA-2相对含量的荧光定量PCR方法，根据FA-2已知特异序列GENE2和大肠杆菌16s rRNA基因序列GENE1分别设计合成特异引物和Tagman探针，采用实时荧光定量PCR技术分别检验各样本FA-2和E.coli 16 s rRNA基因相对拷贝数，获得了FA-2及大肠杆菌的标准曲线，并比较这两种基因剂量之比例和混合的菌数比例之间的关系。结果表明混合菌液中FA-2的含量与CtGENE2和CtGENE1的差值△Ct呈线性关系，由此可以推算出模板DNA的数量及对应的细菌数量，荧光定量检测结果与直接计数结果基本一致。该方法的建立，为进一步在废水处理系统中应用FQ-PCR检测功能菌的含量打下基础。