在许多生态系统中，苔藓是其中独特而不可缺少的一部分，对其所在系统的各种生态过程特别是C、N循环有重要贡献。通常，苔藓会在地表形成大面积的覆盖，而给人以“苔藓层”的印象。苔藓层可以有效的获取和储存有机碎屑和大气沉降，同时也为细菌、藻类、真菌、轮虫、缓步类动物、线虫、螨类和弹尾类动物提供生境。

由于苔藓层中居住着大量微生物和动物，因此在其中形成了复杂的食物网。各种植物地上部分凋落物所形成的碎屑、苔藓的凋落物和土壤中的有机质处于食物链的最底层，其中能量分别由细菌和真菌所主导的两条通路流经整个食物网。其中细菌途径主要由细菌、原核生物、轮虫、线虫和少数节肢动物组成；而真菌途径主要有腐生真菌、菌根真菌以及食真菌的生物组成。苔藓层地上和地下部分的相互依赖也可以通过营养关系的格局以及养分供给和养分吸收效率的关系来解释。地上群落受到碎屑食物链的直接或间接影响。由于微生物数量和生物量会受到捕食者、能量流动和养分循环等因素的限制，像苔藓层中的这种营养关系很可能会对生态系统过程产生影响。而且碎屑食物链可能通过级联作用对局域直到全球尺度上对生态系统产生影响。

由于苔藓植物的本身生物学特征，使得苔藓层对养分循环具有重要作用。例如，干旱可能会使苔藓体内养分流失。养分释放量会受到许多非生物因素的影响。干湿交替就可能会使有机碳、氮、磷等养分从苔藓体内流失，而这部分养分对于一些微生物是至关重要的。由于苔藓可以有效获取和积累有机物，固定大气中的碳，与维管植物和微生物竞争氮，并通过改变微气候来影响土壤中的分解作用，因此苔藓层对其所在生态系统的养分循环会产生重要影响。在有些生态系统中，苔藓层的生产力甚至会超过其上层的植物。苔藓具有比较高的氮素利用效率，即使没有维管组织，它们仍然可以使氮素回流重新利用。苔藓凋落物中含氮量很低，并且由于苔藓层覆盖对其下层土壤的降温作用，这些凋落物的分解速率很慢。而且与苔藓共生的蓝藻可以固定氮素，苔藓层是重要的碳库和氮库。

对苔藓层中生物多样性、各组分功能以及适应性的理解依赖与通过分子、生理、群落和生态系统等不同手段和尺度的研究。将苔藓层作为研究对象也将为生态理论的探索提供新的希望。